O sêmen é coletado com auxílio de vagina artificial, avaliado e qualificado quanto a motilidade progressiva (> 60%), morfologia  e concentração (> 1 bilhão espermatozóides/ml). Posteriormente realiza-se uma diluição com um extender, acrescenta-se um corante que se une ao DNA  e que tem a particularidade de emitir fluorescência quando é excitado pela luz UV.O espermatozóide X tem 4% de DNA a mais que o espermatozóide Y. Após um tempo de incubação, a amostra é rediluída com outro extender no qual há um corante específico para os espermatozóides mortos reduzindo a fluorescência do primeiro corante mencionado (fluorocromo), o que torna o processo mais eficiente, pois permite a separação somente de células vivas.

Uma vez preparada á amostra, esta é colocada no citômetro de fluxo (Moflo-Dakocytomation), onde ocorre a separação dos espermatozóides.

O fluorocromo ligado ao DNA dos gametas é excitado pela luz UV proveniente do raio laser que gera uma fluorescência proporcional ao conteúdo de DNA da mesma . Uma vez identificadas as subpopulações dos espermatozóides X e Y, um cristal (piezoelétrico) envia uma descarga elétrica positiva ou negativa sobre a microgota contendo o espermatozóide selecionado e a mesma logo é atraída por uma placa com carga elétrica oposta.

O sêmen sexado é recolhido em tubos que posteriormente são refrigerados a 4° C, para finalmente ser envasado em palhetas finas de 0.25 ml contendo 3 milhões de espermatozóides cada. As palhetas amarelas são para espermatozóides fêmeas e azuis para espermatozódes machos que posteriormente vão ser congeladas.

Avaliação de sêmen sexado congelado:
Após o congelamento, cada partida de palhetas de sêmen sexado é avaliada quanto a motilidade progressiva (>35%), pureza do sexo escolhido (>85%) e concentração (maior ou igual a 3 milhões).

Entenda o processo da Sexagem de Sêmen: